A iniciativa de retomar o processo de identificação foi um esforço conjunto da Secretaria de Direitos Humanos, por meio da CEMDP, em parceria com a Secretaria Municipal de Direitos Humanos e Cidadania de São Paulo, da Universidade Federal de São Paulo, da Ministra da Secretaria Especial de Política para Mulheres, Eleonora Menicucci e da Comissão da Verdade do Estado de São Paulo Rubens Paiva.  A Comissão Nacional da Verdade e a Comissão da Anistia também apoiaram o processo de identificação das ossadas de Perus. 

A retomada do processo de identificação é uma reivindicação antiga dos familiares das vítimas e remonta um processo longo de espera por reparação, Verdade, Memória e Justiça. A pratica do desaparecimento forçado foi largamente utilizada pelo Estado durante a ditadura militar e ainda hoje é uma pratica comum. Buscar a identificação dos restos mortais de Perus também é combater essa prática.  

Os trabalhos que serão anunciados hoje estão em curso há um pouco mais de tempo. Em julho foi contratada, pela Secretaria de Direitos Humanos da Presidência da República, uma equipe formada por 10 arqueólogos, um historiador e dois fotógrafos.  Desde então, as atividades de sistematização de informações para a pesquisa "Ante mortem", que constituirá um banco de dados para ser usado posteriormente na comparação com as ossadas que serão examinadas, estão sendo feitos. O objetivo dessa fase inicial é levantar características sobre os desaparecidos políticos e retomar o diálogo com os familiares. 

“A pesquisa Antemortem é mais que a identificação de um perfil biológico, ou as características físicas das pessoas. Ela é também uma documentação que é produzida, que vai contra toda uma política de desaparecimento. Quando a gente produz uma documentação sobre alguém que tentaram desaparecer, a gente tá materializando de novo a existência dessa pessoa”, defende a coordenadora da equipe de antropólogos forenses, Márcia Hattori.   

A partir dessas informações, a equipe chegou a 41 nomes de desaparecidos possivelmente inumados na vala clandestina do Cemitério de Perus. 

Após os exames antropológicos, o material genético coletado será encaminhado a laboratórios especializados para a elaboração de perfil genético das ossadas. Estima-se que as etapas de lavagem, secagem, catalogação, triagem e análise genética sejam conduzidas ao longo do próximo ano. Na primeira fase do trabalho de retomada da identificação das ossadas, serão investidos R$ 2,4 milhões. Este investimento é destinado à contração dos peritos e do aluguel do espaço que será utilizado para os exames dos restos encontrados no Cemitério.

Além da equipe contratada, o trabalho hercúleo de examinar 1.049 ossadas, contará com a colaboração de profissionais da Polícia Federal, do Ministério da Justiça e da Associação Brasileira de Antropologia Forense (ABRAF), que auxiliarão no processo de identificação. O convênio firmado entre a SDH/PR, através da Comissão Especial sobre Mortos e Desaparecidos Políticos, a Secretaria Municipal de Direitos Humanos e Cidadania de São Paulo e a Universidade Federal de São Paulo também permitirá a participação de profissionais da UNIFESP no processo de identificação das ossadas, desde 2002 depositadas no Ossário Geral do Cemitério Araçá. 

A Equipe Argentina de Antropologia Forense (EAAF) e a Equipe Peruana de Antropologia Forense (EPAF), representadas, respectivamente, por Luis Fondebrider e José Pablo Baraybar, também prestarão assessoria técnica à equipe.

Em 1990, no dia 4 de setembro, foi aberta a vala de Perus, localizada no cemitério Dom Bosco, na periferia da cidade de São Paulo. Lá foram encontradas 1.049 ossadas de indigentes, presos políticos e vítimas dos esquadrões da morte. 

Em junho de 1979, Iara Xavier Pereira, irmã de Iuri e Alex de Paula Xavier Pereira relatou aos familiares de mortos e desaparecidos políticos reunidos no III Encontro Nacional dos Movimentos de Anistia, no Rio de Janeiro, a descoberta dos restos mortais dos seus irmãos em valas do Cemitério de Perus. A sua família havia encontrado nos livros do Cemitério de Perus, o registro de Alex com o nome falso utilizado por ele durante a clandestinidade, João Maria de Freitas. 

Essa descoberta despertou os familiares para a utilização de identidade falsa para o sepultamento de militantes políticos assassinados. Ainda no mês de junho, alguns familiares foram ao cemitério de Perus e localizaram outros militantes mortos e enterrados sob identidade falsa como Gelson Reicher, enterrado com o nome de Emiliano Sessa, e Luís Eurico Tejera Lisbôa, enterrado como Nelson Bueno. Esses novos dados levaram outros familiares a iniciarem suas buscas em cemitérios a partir dos nomes falsos utilizados por seus parentes na clandestinidade.

Em 1990, o repórter Caco Barcellos, investigando a violência policial através de laudos necroscópicos do Instituto Médico Legal (IML) de São Paulo, redescobre a vala clandestina e tal acontecimento alcança grande repercussão na imprensa. Em seguida, os familiares dos mortos e desaparecidos políticos obtêm o apoio da prefeita Luiza Erundina, que criou a Comissão Especial de Investigação das Ossadas de Perus. 

Algumas das ossadas foram levadas para o Departamento de Medicina Legal da UNICAMP e em 1992 foram identificados dois presos políticos cujos restos mortais estavam na vala clandestina: Dênis Antônio Casemiro, considerado desaparecido, e Frederico Eduardo Mayr.

Desde então o processo de identificação ficou paralisado, sendo retomado apenas agora em 2014.

O cemitério Dom Bosco foi construído pela prefeitura de São Paulo, em 1971, na gestão de Paulo Maluf e, no início, recebia cadáveres de pessoas não identificadas, indigentes e vítimas da repressão política. Fazia parte de seu projeto original a implantação de um crematório, o que causou estranheza e suspeitas até da empreiteira chamada a construí-lo. Este projeto de cremação dos cadáveres de indigentes, do qual só se tem notícia através da memória dos sepultadores, foi abandonado em 1976. As ossadas exumadas em 1975 foram amontoadas no velório do cemitério e, em 1976, enterradas numa vala clandestina.